Actualmente, o Cartão de Cidadão possui as seguintes funcionalidades:

• Autenticação Internet - O Cartão possibilita a autenticação em sites na Internet, utilizando para isso o certificado digital de autenticação presente no chip do cartão;

• Assinatura electrónica qualificada - O cartão possibilita, por exemplo, a assinatura electrónica qualificada de documentos e e-mail;

• Armazenamento de notas pessoais do cidadão - O cartão dispõe de um espaço no chip que permite o armazenamento livre de informação (texto) - espaço disponível limitado. Pode, por exemplo, servir para o cidadão armazenar contactos de emergência, etc.;

• Verificação de impressão digital - Trata-se de um funcionalidade que permite a verificação presencial do titular do documento. O Cartão de Cidadão possui uma aplicação que compara a leitura recolhida no momento de uma impressão digital do cidadão com os dados da impressão digital existentes no cartão. Ao realizar a operação de comparação no chip, garante-se a total confidencialidade das impressões digitais do cidadão, que em instante algum são transmitidas para fora do chip. Este serviço está disponível, em primeira instância, aos serviços de identificação da Administração Pública.

Posteriormente será introduzida mais uma funcionalidade:

• Autenticação Telefone - O cartão possibilita a geração de uma palavra-chave única gerada no momento para ser utilizada nas interacções telefónicas que requeiram autenticação segura.

 O software de suporte ao Cartão de Cidadão, inclui uma aplicação que permite ao cidadão realizar várias operações de gestão do seu cartão (por exemplo, alteração de PIN's, etc.). Download

A utilização dos certificados digitais associados ao Cartão de Cidadão é garantida 24 horas após o levantamento do Cartão, tanto para o certificado de autenticação como para o certificado de assinatura digital, a partir do momento da sua activação.